O Museu Municipal Pedro Nunes foi fundado em 15 de outubro de 1894, em resultado da junção do espólio arqueológico depositado na Câmara Municipal e de doações do padre Matos Galamba e de Joaquim Correia Batista, sendo um dos museus mais antigos do país. Em 1896, o acervo arqueológico foi enriquecido com a doação de António Faria Gentil do espólio da Idade do Ferro, proveniente da necrópole do Olival do Senhor dos Mártires.  Desde 1914 que ocupa a Igreja do Espírito Santo, um espaço por si só com uma história com mais de 500 anos. Numa primeira fase das obras de requalificação foi efetuada a conservação e acondicionamento das estruturas arqueológicas identificadas durante as escavações realizadas durante os anos de 2008 a 2010. Este projeto contempla uma pequena área de estruturas visíveis (musealizadas), com o objetivo de preservar a memória das pré-existências do edifício e a exposição dos extratos arqueológicos sobre os quais a Igreja do Espírito Santo foi implantada. 

Inaugurado a 6 de abril de 2019, apresenta vestígios com uma ocupação de cerca de 2.700 anos que podem ser visitados no renovado Museu Municipal Pedro Nunes. Esta viagem pelo tempo é feita através rio Sado, o principal elo que une o Tempo e o Espaço. O mesmo rio que trouxe até Alcácer do Sal o Mediterrâneo e o Atlântico, as suas culturas e gentes. Aqui pode conhecer-se algumas das mais fantásticas peças arqueológicas do país. Peças que contam histórias fabulosas e que transportam o visitante para outros mundos, outras épocas.